Agencija za sigurnost željezničkog prometa (u nastavku: Agencija) je pravna osoba s javnim ovlastima sa sjedištem u Zagrebu. Osnivač Agencije je Republika Hrvatska, a osnivačka prava u skladu sa Zakonom o sigurnosti i interoperabilnosti željezničkog sustava (u nastavku: Zakon) ostvaruje Vlada Republike Hrvatske (u daljnjem tekstu: Vlada). Agencija obavlja aktivnosti od interesa za Republiku Hrvatsku, a obavlja i druge poslove koji su u skladu s propisima donesenim na temelju nacionalnih zakona i izravno primjenjivim propisima Europske unije.

Agencija je osnovana na temelju Zakona o Agenciji za sigurnost željezničkog prometa koji je stupio na snagu 1. siječnja 2009. dana 1. srpnja 2013. godine stupio je na snagu novi Zakon o sigurnost i interoperabilnost željezničkog sustava. Danom stupanja na snagu ovog zakona prestali su važiti: Zakon o sigurnost u željezničkom prometu i Zakon o Agenciji za sigurnost željezničkog prometa. Agencija je samostalna u obavljanju svoje dužnost i odgovorna je Vladi.

Tijela Agencije su Upravno vijeće i ravnatelj Agencije i oni za svoj rad odgovaraju Vladi. Agencijom upravlja Upravno vijeće koje se sastoji od predsjednika i četiri člana koje imenuje Vlada za razdoblje od pet godina s mogućnošću reizbora.

Čelnik Agencije je ravnatelj, koji predstavlja i zastupa Agenciju, vodi stručni rad Agencije, organizira rad i poslovanje Agencije te obavlja i druge poslove u skladu sa Zakonom, Statutom Agencije i organizacijskom strukturom (prema donjoj slici).
Ravnatelj obavlja svoju dužnost profesionalno kao zaposlenik Agencije.

Sukladno Zakonu tijela Agencije su Upravno vijeće i ravnatelj, koji za svoj rad odgovaraju Vladi.

Upravno vijeće obavlja sljedeće poslove:
– donosi Statut Agencije i druge opće akte,
– donosi godišnji program rada i razvoja Agencije,
– daje prijedloge i mišljenja na financijski plan i završni račun Agencije,
– odlučuje o drugim pitanjima utvrđenim Zakonom i Statutom Agencije , kao i ostalim pitanjima koja se odnose na upravljanje Agencijom.

Ravnatelj Agencije vodi stručni rad Agencije, organizira rad i poslovanje Agencije, predstavlja i zastupa Agenciju te obavlja druge poslove utvrđene u Zakonu i Statutu Agencije. Statutom Agencije i drugim općim aktima Agencije uređuju se pitanja značajna za djelatnost, ustroj i rad Agencije. Statutom Agencije uređuje se: unutarnje ustrojstvo, predstavljanje i zastupanje, financiranje, poslovno planiranje i godišnje izvještavanje, rad i poslovanje, ovlast i način odlučivanja, opći akt, tajnost podataka, javnost rada te druga pitanja značajna za rad Agencije. Statut, uz prethodnu suglasnost Vlade, donosi Upravno vijeće Agencije.

Stručne poslove u okviru rada i poslovanja Agencije obavljaju zaposlenici Agencije, čiji su pravni položaj, uvjet za zasnivanje radnog odnosa, plaća i druga pitanja u vezi s radnim odnosom uređuju Statutom Agencije i drugim općim aktima Agencije.

Poslovi iz djelokruga Agencije te drugi poslovi nužni za rad i poslovanje kao ustanove s javnim ovlastima, odnosno javne službe obavljaju se u ustrojstvenim jedinicama (prema donjoj slici):

1. Uprava za željezničku infrastrukturu
2. Uprava za željezničke prijevoznike
3. Uprava za željeznička vozila
4. Uprava za poslove inspekcije
5. Uprava za pravne, ekonomske i opće poslove