Sukladno članku 17. Zakona o sigurnosti i interoperabilnosti željezničkog sustava (Narodne novine broj 63/2020; u nastavku: Zakon) 

• upravno vijeće ima pet članova koji se imenuju na vrijeme od pet godina, s mogućnošću ponovnog imenovanja,
• četiri člana Upravnog vijeća imenuje Vlada, a jedan član je predstavnik radnika koji se imenuje sukladno propisima koji uređuju područje rada (stupa na snagu 10. studenoga 2022.),
• predsjednika Upravnog vijeća imenuje Vlada iz reda članova Upravnog vijeća Agencije,
• upravno vijeće upravlja Agencijom, a članovi Upravnog vijeća, osim predstavnika radnika iz stavka 2. ovoga članka imenuju se nakon provedenog javnog natječaja,
• javni natječaj iz ovoga članka provodi Ministarstvo.

Upravno vijeće obavlja sljedeće poslove:

• donosi Statut Agencije i druge opće akte,
• donosi godišnji program rada i razvoja Agencije te nadzire njegovo izvršavanje,
• daje prijedloge i mišljenja na financijski plan i završni račun Agencije,
• daje suglasnost na godišnje izvješće o radu Agencije u prethodnoj godini koje se podnose Vladi RH i na godišnje izvješće o aktivnostima Agencije iz prethodne godine koje se podnosi Agenciji Europske unije za željeznice,
• odlučuje o drugim pitanjima utvrđenim Zakonom i Statutom Agencije, kao i o ostalim pitanjima koja se odnose na upravljanje Agencijom.

Članovi Upravnog vijeća Agencije:

• Milan Vuković, predsjednik
• sc. Mladen Nikšić, član
• sc. Martin Starčević, član
• Tomislav Židov, član
• Ivanka Blagović, predstavnik radnika od 10. studenog 2022., u skladu s odredbom članka 157. Zakona